"搜索引擎"這個術語一般統指真正意義上的搜索引擎和目錄，其實他們是不一樣的，其區別主要在于返回的搜索結果列表是如何編排的。
1、目錄
目錄返回的列表是由人工來編排的。
這類引擎提供了一份人工按類別編排的網站目錄，各類下邊排列著屬于這一類別的網站的站名和網址鏈接，再記錄一些摘要信息，對該網站進行概述性介紹。人們搜索時就按相應類別的目錄查詢下去。
這類引擎往往還伴有網站查詢功能，也稱之為網站檢索，即提供一個文字輸入框和一個按鈕。我們可以在文字框中輸入要查找的字、詞或短語，再點擊按鈕，便會在目錄中查找相關的站名、網址和內容提要，將查到的內容列表送過來。目前國內Sohoo、常青藤等都是這種搜索方式。
2、搜索引擎
搜索引擎是自動創建列表的。
搜索引擎看起來與目錄的網站查詢非常相似，也提供一個文字輸入框和按鈕，使用方法也相同，而且有些也提供分類目錄，但兩者卻有本質上的區別。
目錄的資料庫中，搜集保存的是各網站的站名、網址和內容提要；搜索引擎的資料庫中，搜集保存的則是各網站的每一個網頁的全部內容，范圍要大得多。
搜索引擎是以全文檢索的方式工作的。全文檢索查到的結果不是站名、網址和內容提要，而是與你輸入的關鍵詞相關的一個個網頁的地址和一小段文字。在這段文字中，可能沒有你輸入的那個關鍵詞，它只是某一網頁的第一段話，甚至是一段無法看懂的標記，但在這個網頁中，一定有你所輸入的那個關鍵詞，或者相關的詞匯。打個比方說，網站查詢可以查到網上有哪些報紙，如《文匯報》、《大公報》，而全文檢索則可以查到網上這些報紙的每一篇文章中的詞匯。
3、兩者相結合的搜索引擎
某些搜索引擎同時也提供目錄。包含在搜索引擎中的目錄通常質量比較高，也能從那里找到許多好站點。因為即使你把你的站點提交過去，也并不能保證一定被加到目錄中去，他們把注意力放在那些已經在別的目錄中存在的站點上，并有選擇地尋找有吸引力的加到自己的目錄中。
搜索引擎和目錄各有各自不可替代的功用。目錄比較簡單，要想獲得一個好的排列層次，除了你努力創建一個好內容的高品質站點外別無他法。搜索引擎復雜得多，它們隨時都在自動地索引眾多WEB站點的最新網頁，所以常常會發現目錄所不能得到的信息。如果你改動了你的頁面，搜索引擎還隨時會發現這個變化，并重新排列你在列表中的位置。而目錄就做不到。下面專門討論搜索引擎的工作原理以及如何提高在搜索引擎列表中的排列位置。
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